A povoação de “Nossa Senhora da Conceição do Rio Parahyba de Jacareí” deu-se a partir de 1652 por iniciativa de Antonio Afonso e seus filhos e agregados. Foi elevada a “Villa de Jacarey” em 22 de novembro de 1653.
Documento oficial foi lavrado na data por Jorge Souza Pereira, tabelião do Público Judicial e Notas da Villa de Santanna das Cruzes de Mogi – mirim, a mando do capitão-mor, Bento Ferrão Castello Branco.
Os primeiros povoadores não só de Jacareí como de todo o Vale do Paraíba partiam de São Paulo, seguiam através de Mogi das Cruzes até a aldeia de Freguesia da Escada (hoje Guararema), de onde seguiam de canoa até a região de Jacareí. Dali seguiam na exploração do sertão a cavalo ou a pé.
Sérgio Buarque de Hollanda afirma que uma das razões da fundação de Jacareí foi a necessidade dos habitantes da roça da região de levarem mulher e filhos para os serviços religiosos. Naquela época só era possível em Mogi das Cruzes, cujo acesso difícil era considerado verdadeira penitência para quem se aventurasse.
O nome Jacareí vem de Jacaré-ig, que significa “rio de jacarés”. Há controvérsias quanto a este significado, embora seja o mais aceito.
Também discute-se a exatidão do local onde teve início a povoação. O falecido João Baptista Dennis Netto, jornalista-memorialista, defendia a tese de que tenha sido onde hoje se situa a igreja do Avareí. Justifica pelo fato de ser ali passagem e pousada de bandeirantes.
O historiador Benedicto Sérgio Lencioni prefere a versão de que tenha sido onde hoje é o Largo da Matriz. Os adeptos desta idéia dizem que ha região do Avareí pode até ter sido esboçado o começo da povoação, mas os pioneiros preferiram subir até onde hoje está o Largo da Matriz. Isto porque a região do Avareí era – e foi até meados do século passado – uma área alagadiça e que dificultava o assentamento.
Jacareí tornou-se cidade pela Lei nº 17 de 3 de abril de 1849. Como não há registro exato de quando se iniciou a povoação, o município comemora a data de fundação pela data em que se tornou cidade – 3 de abril – contando sua existência a partir de 1652.